Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta dalam perjalanannya telah menjadi center of excellence dalam bidang ilmu-ilmu keislaman serta dijuluki sebagai feeder bagi UIN lainnya. Dalam perkembangan terakhirnya, UIN Sunan Kalijaga memiliki tujuh Fakultas, yaitu fakultas Adab, Dakwah, Syari'ah, Tarbiyah, Ushuluddin, Sains dan Teknologi, dan Ilmu Sosial dan Humaniora. Ditambah lagi program Pascasarjana. Dengan 24 program studi dan kurikulum yang terus dievaluasi serta disempurnakan agar semakin relevan dengan tuntutan zaman, UIN Sunan Kalijaga membekali dan mengantarkan mahasiswa siap terjun ke dunia kerja dan wiraswasta. UIN Yogyakarta diberi nama Sunan Kalijaga, nama seorang Walisongo, tokoh penyebar Islam di Indonesia. Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga memiliki 8 fakultas, yaitu:
- Fakultas Adab dan Ilmu Budaya
- Program Studi Bahasa dan Sastra Arab
- Program Studi Sejarah Kebudayaan Islam
- Program Studi Ilmu Perpustakaan
- Program Studi Bahasa Inggris
- Fakultas Dakwah
- Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Broadcasting
- jurnalistik
- Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam
- Konseling Islam pada Keluarga dan Masyarakat
- Konseling Islam pada Sekolah/Madrasah
- Program Studi Pengembangan Masyarakat Islam
- Program Studi Manajemen Dakwah
- Manajemen Sumber Daya Manusia
- Manajemen Lembaga Keuangan Islam
- Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Fakultas Syari'ah dan Hukum
- Program Studi Al-Ahwal al-Syakhsyiyyah
- Program Studi Perbandingan Madzhab dan Hukum
- Program Studi Jinayah Siyasah
- Program Studi Muamalat
- Program Studi Keuangan Islam
- Program Studi Ilmu Hukum
- Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
- Program Studi Pendidikan Agama Islam
- Program Studi Pendidikan Bahasa Arab
- Program Studi Kependidikan Islam
- Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Fakultas Ushuluddin
- Program Studi Aqidah dan Filsafat
- Program Studi Perbandingan Agama
- Program Studi Tafsir dan Hadis
- Program Studi Sosiologi Agama
- Fakultas Sains dan Teknologi
- Program Studi Matematika
- Program Studi Fisika
- Elektronika dan Instrumentasi
- Fisika Matrial
- Atom dan Inti
- Astrofisika
- Geofisika
- Program Studi Kimia
- Program Studi Biologi
- Program Studi Teknik Informatika
- Program Studi Teknik Industri
- Program Studi Pendidikan Matematika
- Program Studi Pendidikan Kimia
- Program Studi Pendidikan Biologi
- Program Studi Pendidikan Fisika
- Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
- Program Studi Psikologi
- Program Studi Sosiologi
- Program Studi Ilmu Komunikasi
- Public Relations
- Advertising
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (Central Of Excellent Faculty)
- Program Studi Ekonomi Syari'ah
- Program Studi Perbankan Syari'ah
Daftar Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta
- KHR Moh Adnan (1951-1959)
- Prof. Dr. H. Mukhtar Yahya (1959-1960)
- Prof. RHA Soenarjo, SH (1960-1972)
- Drs. H. Bakri Syahid (1972-1976)
- Prof. H. Zaini Dahlan, MA (1976-1983)
- Prof. Dr. HA Mu'in Umar (1983-1992)
- Prof. Dr. Simuh (1992-1996)
- Prof. Dr. HM. Atho Mudzhar (1997-2001)
- Prof. Dr. HM. Amin Abdullah (2001-2010)
- Prof. Dr. H. Musa Asy’arie (2010-Sekarang)
